无法访问 jar 文件（安装在 conda 虚拟环境中）

Question

我尝试在 picard 中执行一些不同的命令（当前为 AddOrReplaceReadGroups；见下文），但出现错误：“无法访问 jarfile”。对于这个看似常见的问题，我已经尝试了所有解决方案，但似乎无法解决这个问题。我在 conda 虚拟环境中使用 bash（在 linux 服务器上）； picard 安装在这个虚拟环境的 bin 中，我在激活环境时运行代码。

我尝试在安装 picard 的同一目录中运行代码。我已将 picard 保存到我的路径的目录添加到：export PATH=/home/scarvey/miniconda3/envs/stacks_venv/bin:$PATH。我将 picard 保存为环境变量：PICARD="/path/to/picard/picard.java"。我已经使用 picard 和被调用文件的完整路径运行了代码。我检查了我是否安装了java java --version，结果是：openjdk 17.0.3-internal 2022-04-19

运行 AddOrReplaceReadGroups 的代码：

java -jar $PICARD AddOrReplaceReadGroups I=ATPU_MSI_101505899.1.sorted.bam O=ATPU.MSI.101505899.rg.sorted.bam RGID=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGLB=NovaSeq.QCarvey1 RGPL=illumina RGPU=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGSM=MSI.101505899

我想这其中有一个我没有考虑过的因素，但我觉得我已经尝试了所有我能找到的解决方案。我真诚地感谢任何帮助。

Answer 1

如果您从 bioconda 频道 (v2.27.4) 安装最新版本的 picard 并激活 conda 环境，那么您的路径中将有一个程序 picard。然后你可以像这样运行它：

$ picard AddOrReplaceReadGroups I=ATPU_MSI_101505899.1.sorted.bam O=ATPU.MSI.101505899.rg.sorted.bam RGID=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGLB=NovaSeq.QCarvey1 RGPL=illumina RGPU=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGSM=MSI.101505899

picard 程序是一个执行java -jar ... 的shell 脚本，因此您不需要直接运行java。