如何运行 awk 命令？答案

【问题标题】：How to run an awk command?如何运行 awk 命令？
【发布时间】：2022-08-13 23:56:18
【问题描述】：

我正在尝试学习如何计算多基因风险评分，并且我正在遵循分步教程（这个：https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/plink/）。但是，我一直试图弄清楚如何运行这个命令：

awk \'NR!=1{print $3}\' EUR.clumped >  EUR.valid.snp

显然，这不是我可以在 R 中运行的东西，但显然通过使用system()，人们说它应该可以工作。但事实并非如此。然后我尝试在自己的 Windows 命令提示符下运行此命令，但它无法将 awk 识别为实习生命令。

然后我尝试用wsl --install 更新我的命令提示符（因为这是我能得出的唯一结论），但显然我的管理员帐户需要权限才能这样做。

标签： r linux

【解决方案1】：

如果您能提及几件事，那将很有用： R会给你一个错误吗？

我假设您正在尝试在安装了 awk 的 linux 系统上运行它？要检查是否安装了 awk，请尝试在您的 linux 终端中运行它：

which awk

要从 R 中运行 awk 命令，您应该在 awk 命令中使用 \ 转义 ' 字符，并将整个命令放在引号内：

system('awk \'NR!=1{print $3}\' EUR.clumped > EUR.valid.snp')

【讨论】：

我试图在我的 Windows 10 命令提示符（我假设它是一个 linux 系统）中运行它，但是它告诉我 awk 不能被识别为实习生命令。要查看是否安装了 awk，我也尝试使用 which，但是也无法识别。我假设 awk 可能没有与一堆其他软件包一起安装，但我不知道如何安装它们。 R 上的命令给了我一个 127 错误。我猜由于没有安装任何东西，因此无法调用该命令。谢谢您的帮助！
windows命令提示符不是linux。但是，您提到安装 wsl（用于 linux 的 windows 子系统）。您应该将其视为安装在同一台 PC 上的完全独立的操作系统。在 WSL 中，您应该能够安装 AWK、R 等。
在您正在学习的教程中，假设您对如何使用 linux 终端和其他一些工具有最少的了解。在他们的主页上，他们提供了一些有用的链接来了解所有这些。如果您打算进行此类分析，我强烈建议您这样做！
非常感谢您的解释，我仍然很迷茫，但我会做更多的研究。祝你今天过得愉快！