【问题标题】:Spark: Prevent shuffle/exchange when joining two identically partitioned dataframesSpark:加入两个相同分区的数据帧时防止洗牌/交换
【发布时间】:2020-03-20 21:57:55
【问题描述】:

我有两个数据框 df1df2,我想在名为 visitor_id 的高基数字段上多次加入这些表。我只想执行一次初始洗牌,并在火花执行器之间不洗牌/交换数据的情况下进行所有连接。

为此,我创建了另一个名为visitor_partition 的列,它始终为每个visitor_id 分配一个介于[0, 1000) 之间的随机值。我使用了一个自定义分区器来确保df1df2 被精确分区,这样每个分区只包含来自visitor_partition 的一个值的行。这个初始重新分区是唯一一次我想洗牌数据。

我已将每个数据帧保存到 s3 中的 parquet 中,按访问者分区进行分区 -- 对于每个数据帧,这会创建 1000 个文件,这些文件以df1/visitor_partition=0df1/visitor_partition=1...df1/visitor_partition=999 组织。

现在我从 parquet 加载每个数据帧,并通过 df1.createOrReplaceTempView('df1') 将它们注册为 tempviews(df2 也是如此),然后运行以下查询

SELECT
   ...
FROM
  df1 FULL JOIN df1 ON
    df1.visitor_partition = df2.visitor_partition AND
    df1.visitor_id = df2.visitor_id

理论上,查询执行计划者应该意识到这里不需要改组。例如,单个执行程序可以从 df1/visitor_partition=1df2/visitor_partition=2 加载数据并加入其中的行。然而,在实践中,spark 2.4.4 的查询计划器在这里执行完整的数据洗牌。

有什么方法可以防止这种洗牌发生吗?

【问题讨论】:

  • 您是否尝试在加入之前对每个数据集执行重新分区并指定分区数?

标签: apache-spark join pyspark apache-spark-sql pyspark-dataframes


【解决方案1】:

您可以使用 DataFrameWriter (other documentation) 的 bucketBy 方法。

在以下示例中,VisitorID 列的值将被散列到 500 个桶中。通常,对于连接,Spark 会根据 VisitorID 上的散列执行交换阶段。但是,在这种情况下,您已经使用哈希预分区了数据。

inputRdd = sc.parallelize(list((i, i%200) for i in range(0,1000000)))

schema = StructType([StructField("VisitorID", IntegerType(), True),
                    StructField("visitor_partition", IntegerType(), True)])

inputdf = inputRdd.toDF(schema)

inputdf.write.bucketBy(500, "VisitorID").saveAsTable("bucketed_table")

inputDf1 = spark.sql("select * from bucketed_table")
inputDf2 = spark.sql("select * from bucketed_table")
inputDf3 = inputDf1.alias("df1").join(inputDf2.alias("df2"), col("df1.VisitorID") == col("df2.VisitorID"))

有时 Spark 查询优化器仍然选择广播交换,所以对于我们的示例,让我们禁用自动广播

spark.conf.set("spark.sql.autoBroadcastJoinThreshold", -1)

物理计划如下所示:

== Physical Plan ==
*(3) SortMergeJoin [VisitorID#351], [VisitorID#357], Inner
:- *(1) Sort [VisitorID#351 ASC NULLS FIRST], false, 0
:  +- *(1) Project [VisitorID#351, visitor_partition#352]
:     +- *(1) Filter isnotnull(VisitorID#351)
:        +- *(1) FileScan parquet default.bucketed_6[VisitorID#351,visitor_partition#352] Batched: true, DataFilters: [isnotnull(VisitorID#351)], Format: Parquet, Location: InMemoryFileIndex[dbfs:/user/hive/warehouse/bucketed_6], PartitionFilters: [], PushedFilters: [IsNotNull(VisitorID)], ReadSchema: struct<VisitorID:int,visitor_partition:int>, SelectedBucketsCount: 500 out of 500
+- *(2) Sort [VisitorID#357 ASC NULLS FIRST], false, 0
   +- *(2) Project [VisitorID#357, visitor_partition#358]
      +- *(2) Filter isnotnull(VisitorID#357)
         +- *(2) FileScan parquet default.bucketed_6[VisitorID#357,visitor_partition#358] Batched: true, DataFilters: [isnotnull(VisitorID#357)], Format: Parquet, Location: InMemoryFileIndex[dbfs:/user/hive/warehouse/bucketed_6], PartitionFilters: [], PushedFilters: [IsNotNull(VisitorID)], ReadSchema: struct<VisitorID:int,visitor_partition:int>, SelectedBucketsCount: 500 out of 500

做类似的事情:

inputdf.write.partitionBy("visitor_partition").saveAsTable("partitionBy_2")

确实为每个分区创建带有文件夹的结构。但它不起作用,因为 Spark 连接是基于哈希的,并且无法利用您的自定义结构。

编辑:我误解了你的例子。我相信您说的是 partitionBy 之类的东西,而不是之前版本中提到的重新分区。

【讨论】:

  • 我也会采用分桶技术。
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