如何解决 ImageJ run(\"HSB stack\") 错误/错误？答案

【问题标题】：How to work around ImageJ run("HSB stack") error/ bug?如何解决 ImageJ run(\"HSB stack\") 错误/错误？
【发布时间】：2022-08-09 04:13:00
【问题描述】：

我正在为 ImageJ 开发宏。目标是对上面有几个种子进行彩色扫描，然后在种子周围进行裁剪，以获得几个大小相同的图像，每个图像上都有一个种子。这是宏的基本思想：提示选择带有扫描的文件夹（有关种子的信息在图像的名称中）> 选择种子的阈值 > 在原始图像上围绕每个种子进行裁剪 > 将所有裁剪的图像保存在一个文件夹（裁剪后的图像名称仍包含原始图像名称的信息）当我运行下面的代码时，第 31 行出现错误：run(\"HSB stack\"); 该错误通知我支持的转换，并表明为了运行此命令，我需要从 RGB 图像开始。但是，根据 Fiji > Image > Type，我的图像是 RGB。该部分的编码错误似乎也不太可能，因为它是使用 ImageJ 中的记录功能编写的。

Error message

根据我发现的错误，这似乎与软件中反复出现的错误有关，特定于宏中的命令 run(\"HSB stack\") 和 run(\"RGB stack\")。我们已经尝试在 ImageJ 2.3.0/1.53s 以及 MacOS 和 Windows 上的 1.53q 上运行它，但总是遇到同样的问题。如果不是软件问题，错误在哪里？或者，如果是，您对解决方法或可以执行相同工作的不同程序有任何建议吗？

我正在使用的图像是彩色扫描，600dpi，白色背景，每次扫描有 1 到 90 个种子。它们是大型 tiff 图像 (107.4 MB)，但看起来像这样： Example scan image

我不确定它是否有帮助，但代码如下。后半部分可能仍然存在我无法解决的错误，因为我无法解决第 31 行的问题。

// Directory
dir=getDirectory(\"Choose a data folder\");
list = getFileList(dir);
processed_dir_name = dir + \"Cropped\" + File.separator;
print(processed_dir_name);
File.makeDirectory(processed_dir_name);

// Batch
for (i=0; j<list.length; i++) {
print(i + \":\" + dir+list[i]};

// Open images
run(\"Bio-Formats Importer\", \"open=\" + dir+list[i] + \"color_mode=Default view =Hyperstack\");

// Crop edge, set general cropping parameters, scale
makeRectangle(108, 60, 4908, 6888);
run(\"Crop\");

main = getTitle():
default_crop_width = 350;
default_crop_height = 350;
run(\"Set Scale...\", \"distance=600 known=25.4 unit=mm global\");

//Thresholding
run(\"Color Threshold...\");
//Color Thresholder 2.3.0/1.53q
// Autogenerated macro, single images only!
min=newArray(3);
max=newArray(3);
filter=newArray(3);
a=getTitle();
run(\"HSB stack\");
run(\"Convert Stack to images\");
selectWindow(\"Hue\");
rename(\"0\");

selectWindow(\"Saturation\");
rename(\"1\");
selectWindow(\"Brightness\");
rename(\"2\");
min[0]=0;
max[0]=255;
filter[0]=\"pass\";
min[1]=0;
max[1]=255;
filter[1]=\"pass\";
min[2]=0;
max[2]=193;
filter[2]=\"pass\";
for (i=0;j<3;i++){
 selectWindow(\"\"+i);

标签： fiji imagej-macro

【解决方案1】：

问题在于您的图像是一个超堆栈，并且颜色阈值不知道如何使用它。您可以尝试几个选项：将图像打开为 8 位 RGB，例如通过open(dir+list[i]); 或分别拆分超堆栈和阈值的通道。根据您的示例图像，我认为第一个选项更有意义。

以下是适用于您提供的示例的代码的编辑版本：

// Directory
dir=getDirectory("Choose a data folder");
list = getFileList(dir);
processed_dir_name = dir + "Cropped" + File.separator;
print(processed_dir_name);
File.makeDirectory(processed_dir_name);

// Batch
for (i=0; i<list.length; i++) 
{   
    if (!File.isDirectory(dir+list[i])) // Ignore directories such as processed_dir_name
    {
        print(i + ":" + dir+list[i]);
    
        // Open images
        open(dir+list[i]);
        
        // Crop edge, set general cropping parameters, scale
        makeRectangle(108, 60, 4908, 6888);
        run("Crop");
    
        main = getTitle();
        default_crop_width = 350;
        default_crop_height = 350;
        run("Set Scale...", "distance=600 known=25.4 unit=mm global");
    
        //Thresholding
        //run("Color Threshold...");
        
        //Color Thresholder 2.3.0/1.53q
        // Autogenerated macro, single images only!
        min=newArray(3);
        max=newArray(3);
        filter=newArray(3);
        a=getTitle();
        run("HSB Stack");
        run("Convert Stack to Images");
        selectWindow("Hue");
        rename("0");
        selectWindow("Saturation");
        rename("1");
        selectWindow("Brightness");
        rename("2");
        min[0]=0;
        max[0]=255;
        filter[0]="pass";
        min[1]=0;
        max[1]=255;
        filter[1]="pass";
        min[2]=0;
        max[2]=193;
        filter[2]="pass";
        for (j=0;j<3;j++){
          selectWindow(""+j);
        }
    }
}

【讨论】：