将矩阵数据框转换为列表，但我不能将相同的条目数据转换为 iNEXT答案

【问题标题】：Converting matrix data frame to a list but I can't the same entry data to iNEXT将矩阵数据框转换为列表，但我不能将相同的条目数据转换为 iNEXT
【发布时间】：2022-07-26 12:32:29
【问题描述】：

我正在尝试转换这样的矩阵数据帧（低地）：

     species DT1 DT3 DT6 DT7 DT12 DT13 DT14 DT15 DT28 DT29
1  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    1    0    0    1
2  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    1
3  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    1
4  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    1
5  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    1
6  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    1
7  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
8  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
9  M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
10 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
11 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
12 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
13 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
14 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
15 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
16 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
17 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
18 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
19 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
20 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
21 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
22 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
23 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0
24 M_vaccinifolia   0   0   0   0    0    0    0    0    0    0

并且我想转换为一个列表，我可以输入数据，因为 iNEXT 数据“纤毛虫”列表用于执行稀疏曲线中的示例（示例在“RAW INCIDENCE DATA FUNCTION:incident_raw”部分中的示例链接：https://cran.r-project.org/web/packages/iNEXT/vignettes/Introduction.html。以下是列表的解释方式：

 command
str(ciliates$EtoshaPan)


int [1:365, 1:19] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:365] "Acaryophrya.collaris" "Actinobolina.multinucleata.n..sp." "Afroamphisiella.multinucleata.n..sp." "Afrothrix.multinucleata.n..sp." ...
  ..$ : chr [1:19] "x53" "x54" "x55" "x56" ...

当我转换我的数据低地时，我可以达到这种列表

     lowland_list <- list(lowland)
    str(lowland_list)



    List of 1
 $ :'data.frame':   24 obs. of  11 variables:
  ..$ species: chr [1:24] "M_vaccinifolia" "M_vaccinifolia" "M_vaccinifolia" "M_vaccinifolia" ...
  ..$ DT1    : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT3    : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT6    : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT7    : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT12   : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT13   : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT14   : int [1:24] 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT15   : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT28   : int [1:24] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..$ DT29   : int [1:24] 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 ...

以 iNEXT 为例，什么不是正确的输入数据格式。我花了很多时间试图制作一个列表来输入这些数据，但我无法弄清楚。我该怎么做？

【问题讨论】：

标签： r arrays list inext

【解决方案1】：

不确定这是否有帮助，但我有 2 个数据帧，它们位于物种列和站点行（datA 和 datB）中。这是一些示例代码。

创建一个空列表：

datlist <- list()
datlist$A <- data.frame(t(datA))
datlist$B <- data.frame(t(datB))

然后运行 iNEXT

iNEXT(datlist
      , q = c(0, 1, 2)
      , "incidence_raw"
      , conf = 0.95
      , se = TRUE
      , knots = 200
      , nboot = 200
      )

【讨论】：