如何使用“mnc2nii”在 bash 中递归地将 MINC 文件转换为 Nifti 格式？答案

【问题标题】：How can I convert MINC files to Nifti format recursively in bash using "mnc2nii"?如何使用“mnc2nii”在 bash 中递归地将 MINC 文件转换为 Nifti 格式？
【发布时间】：2018-01-11 06:51:50
【问题描述】：

我需要将 MINC 格式 (.mnc) 的图像文件转换为 NIfTI-1 格式 (.nii)。我想在 Ubuntu bash 中使用 minc-tools 的命令“mnc2nii”。

“mnc2nii”需要一个输入（filename.mnc）和一个输出（filename.nii）。

我有多个文件夹和子文件夹，其中包含 MINC 文件。

我正在尝试找到一种将所有 .mnc 文件递归转换为 .nii 的方法，以便它们保持其名称和文件夹结构。

例子：

/folder/abc.mnc 中的文件 abc 转换为 /folder/abc.nii

和

/folder/subfolder/xyz.mnc 中的文件 xyz 转换为 /folder/subfolder/xyz.nii。

谢谢

【问题讨论】：

bravo for GNU-Parallel` 解决方案，但也可以在这里搜索[bash] for loop。将有许多解决基本相同问题的答案。祝你好运。

标签： bash type-conversion imaging

【解决方案1】：

未测试，因为它在英国很晚，所以请备份并测试一小部分图片的副本。

首先安装GNU Parallel，然后在终端运行：

find /path/to/mnc/files -type f -name \*.mnc -print0 |
   parallel --dry-run -0 mnc2nii {} {.}.nii

如果您喜欢该外观，请在不使用 --dry-run 的情况下再次运行它。

作为 GNU Parallel，它会以非常快的速度并行 :-)

【讨论】：

谢谢四位的回答！试运行看起来不错。不幸的是，当我在没有它的情况下执行命令时，出现以下错误：找不到输入文件'/mnt/e/folder/subfolder/abc.mnc'找不到输入文件'/mnt/e/folder/subfolder/ xyz.mnc' 等等。你对如何解决这个问题有什么建议吗？谢谢！
mnc2nii 在你的路径上吗？我的意思是如果你输入 which mnc2nii 会发生什么？
你是剪切粘贴我的代码，还是手动复制？ --dry-run 后面的参数是破折号零，不是破折号 O。
请尝试运行mnc2nii /mnt/e/folder/subfolder/abc.mnc /tmp/junk.nii 并在您的问题下单击edit 并粘贴输出/结果。
运行“which mnc2nii”产生“/usr/local/freesurfer/mni/bin/mnc2nii”。我手动剪切并粘贴代码。当我运行“mnc2nii /mnt/e/folder/subfolder/abc.mnc /tmp/junk.nii”时，我得到了同样的错误：“找不到输入文件/mnt/e/folder/subfolder/abc.mnc " 谢谢你的帮助！