Dicom - 规范化和标准化

Question

我是医学成像领域的新手 - 并试图解决这个问题（可能是基本问题）。出于机器学习的目的，我正在尝试对 DICOM 图像库进行标准化和规范化，以确保所有图像具有相同的旋转并具有相同的比例（例如，以 mm 为单位）。我一直在玩 Mango 查看器，并且了解可以创建在这方面可能会有所帮助的转换矩阵。但是，我有以下基本问题：

• 我原以为图像的缩放会改变图像标题中的像素间距。这个标签是否不提供像素之间的距离，并且不应该因为缩放而改变？
• 标准化图像库（最好是在 python 中）的最简单方法是什么？是否有可能并且应该提取所有图像的平均像素间距，然后缩放所有图像以匹配该平均值？还是有更聪明的方法来确保缩放和旋转的一致性？

非常感谢，W

Answer 1

这个标签不提供像素之间的距离吗？ 不会因为缩放而改变？

将图像体素视为固定的空间单位，它们对您的图像进行采样。当您应用变换时，您是在这些固定的空间单位内平移/旋转/缩放图像。也就是说，体素的大小和形状不会改变。它们只是对图像的不同部分进行采样。

您可以通过使体素更大或更小或更改其形状（像素间距）来重新采样图像，但这可以独立于您应用到图像的变换。

标准化图像库的最简单方法是什么（最好在 蟒蛇）？

一个选项是FSL-FLIRT，尽管它只接受 NIFTI 格式的数据，因此您必须将 DICOM 转换为 NIFTI。还有this FSL 的 Python 接口。

是否有可能并且应该提取所有像素的平均间距 图像，然后缩放所有图像以匹配那个意思？或者有没有 确保缩放和旋转一致性的更智能方法？

我认为您只需选择一个参考图像来注册您的所有其他图像。没有正确的答案：选择最高分辨率的图像/体素尺寸或平均或重新采样到其他一组尺寸听起来都是合理的。