SimpleItk 裁剪图像答案

【问题标题】：SimpleItk crop imageSimpleItk 裁剪图像
【发布时间】：2020-04-22 00:56:35
【问题描述】：

我想在 Python3 中使用 simpleItk 裁剪 3D 图像

首先，加载图片并获取numpy数组

image_ct = sitk.ReadImage(path_ct, sitk.sitkInt16)
array_ct = sitk.GetArrayFromImage(image_ct)

然后我对数组数据进行裁剪

center = (200, 200, 200)
array_gt = array_gt[center[0]-50:center[0]+51, center[1]-50:center[1]+51, center[2]-40:center[2]+41]

现在我想从数组中创建一个 sitk.Image 并保存结果

def create_ref_image(image, size=(101, 101, 81), spacing=(0.97, 0.97, 0.97), dimension=3):

    ref_origin = np.zeros(dimension)
    ref_direction = np.identity(dimension).flatten()
    ref_image = sitk.Image(size, image.GetPixelIDValue())
    ref_image.SetOrigin(ref_origin)
    ref_image.SetSpacing(spacing)
    ref_image.SetDirection(ref_direction)

    return ref_image

ref_img = create_ref_image(image_ct)
cropped_img = sitk._SimpleITK._SetImageFromArray(np.ascontiguousarray(array_gt), ref_img)
sitk.WriteImage(cropped_img, "/DATA/exemple.nii")

然后我得到这个错误

文件“.../anaconda3/envs/objD/lib/python3.6/site-packages/SimpleITK/SimpleITK.py”，第 8207 行，在 WriteImage 中返回 _SimpleITK.WriteImage(*args) ValueError：方法“WriteImage”中的无效空引用，“itk::simple::Image const &”类型的参数 1

如何使用 SimpleItk（在 python 中）裁剪图像？

【问题讨论】：

标签： python 3d crop simpleitk

【解决方案1】：

原来你可以直接在sitk.Image上使用切片操作符；

image_ct = image_ct[center[0]-50:center[0]+51, center[1]-50:center[1]+51, center[2]-40:center[2]+41]

sitk.WriteImage(image_ct, "/DATA/exemple.nii")

【讨论】：

【解决方案2】：

除了通过 Python 切片进行裁剪之外，SimpleITK 还有一个 Crop 函数和一个 CropImageFilter。

这是 Crop 函数的文档：

https://itk.org/SimpleITKDoxygen/html/namespaceitk_1_1simple.html#a4458c40720e7d78ace07181e13064865

和 CropImageFilter：

https://itk.org/SimpleITKDoxygen/html/classitk_1_1simple_1_1CropImageFilter.html

功能与切片相同，但如果您需要以相同的方式裁剪多个图像，则为所有图像执行一个 CropImageFilter 对象可能会很方便。

【讨论】：