sitk.GetArrayFromImage 返回空的numpy数组？答案

【问题标题】：sitk.GetArrayFromImage returns empty numpy array?sitk.GetArrayFromImage 返回空的numpy数组？
【发布时间】：2017-08-11 00:44:39
【问题描述】：

我正在处理 3D MR 图像数据。为了计算直方图，我将 sitk.Image 转换为维度为 3 的 numpy 数组。虽然我能够使用 matplotlib 显示每个轴向切片，但 numpy 数组在所有三个维度上都是完全空的。有人可以解释发生了什么吗？

import numpy as np
import SimpleITK as sitk
from myshow import myshow

img = sitk.ReadImage("mri.hdr")
nda = sitk.GetArrayFromImage(img)
myshow(img)
print nda

输出：

[[[ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  ..., 
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]]

 [[ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  ..., 
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]]

 [[ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  ..., 
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]]

 ..., 
 [[ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  ..., 
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]]

 [[ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  ..., 
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]]

 [[ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  ..., 
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]
  [ 0.  0.  0. ...,  0.  0.  0.]]]

注意事项：

myshow.py (https://github.com/InsightSoftwareConsortium/SimpleITK-Notebooks/blob/master/Python/myshow.py)
myshow.py 使用 matplotlib 可视化 img 切片
MR 图像数据为 hdr/img（分析）格式。

【问题讨论】：

能否请您发布您的代码示例，以便我们遵循您的逻辑
已编辑！我对编码和stackoverflow相当陌生。如果我没有清楚地提出我的问题，请原谅。

标签： python numpy matplotlib simpleitk

【解决方案1】：

你很好。数据就在那里，只是打印函数从数组的开头显示数据（它很大）。如果您打印具有内容的特定像素的数据，您将看到一个有效值：

print nda[200,56,87]

假设索引在有效范围内。

【讨论】：