lme4 带挖泥机的随机效应结构

Question

我在dredge 中构建了一个用于模型选择的lme4 模型，但是我无法将随机效应与相关的固定效应对齐。我的完整模型的结构如下。

fullModel<-glmer(y ~x1 + x2 + (0+x1|Year) + (0+x1|Country) + (0+x2|Year) + (0+x2|Country) + (1 | Year) +(1|Country), family=binomial('logit'),data = alldata)

在此模型结构中，dredge 中的模型选择会产生三种固定效应组合，即 x1、x2 和 x1+x2，但随机效应结构与完整模型中的结构保持一致，即使在固定效应的情况下效果只有x1，随机效果将包括(0+x2|Year) + (0+x2|Country)。例如只有 x1 作为固定效应的模型，在随机效应结构中仍然会有 x2，如下所示。

y ~x1 + (0+x1|Year) + (0+x1|Country) + (0+x2|Year) +(0+x2|Country) + (1 | Year) +(1|Country), family=binomial('logit')

有没有办法配置dredge 不选择其中指定了其他固定效果的随机效果？我有大约 x1….x50。

Answer 1

您不能立即执行此操作，因为 dredge 当前省略了所有 (x|g) 表达式，但您可以在 (g)lmer 周围创建一个“包装器”来替换“|”公式中的术语与其他内容（例如re(x,g)），因此dredge 认为这些是固定效应。示例：

glmerwrap <-
function(formula) { 
    cl <- origCall <- match.call()
    cl[[1L]] <- as.name("glmer") # replace 'lmerwrap' with 'glmer'
    # replace "re" with "|" in the formula:
    f <- as.formula(do.call("substitute", list(formula, list(re = as.name("|")))))
    environment(f) <- environment(formula)
    cl$formula <- f
    x <- eval.parent(cl) # evaluate modified call
    # store original call and formula in the result:
    x@call  <- origCall
    attr(x@frame, "formula") <- formula
    x
}
formals(glmerwrap) <- formals(lme4::glmer)

关注example(glmer)：

# note the use of re(x,group) instead of (x|group)
(fm <- glmerwrap(cbind(incidence, size - incidence) ~ period +
    re(1, herd) +  re(1, obs), family = binomial, data = cbpp))

现在，

dredge(fm)

同时处理固定和随机效果。