为多个对象的成对“全部与全部”比较创建循环答案

【问题标题】：Creating a loop for a pairwise "all vs all" comparison of multiple objects为多个对象的成对“全部与全部”比较创建循环
【发布时间】：2018-07-18 01:15:21
【问题描述】：

我想对多个数据帧进行成对的“全部与全部”组合，在我的情况下是 Mantel 测试。

我有大约 50 个不同的矩阵要比较： Obj1, Obj2, Obj3, ..., Objn

library(vegan)
mantel(Obj1, Obj2)

我可以循环遍历所有组合，可能省略冗余对吗？所以，只做n * (n-1)/2的一半？

我正在将结果收集到一个数据框中：

result <- data.frame(mantel_r = NA, significance = NA)
mant <- mantel(Obj1, Obj2)
result[01, c("mantel_r", "significance")] <- mant[3:4]

是否可以将循环与此基本代码结合起来？可能根据输入为 result.dataframe 的行命名？

【问题讨论】：

您应该指定具有mantel 功能的包。是在library(ecodist)
我吃过，抱歉，是素食主义者。

标签： r

【解决方案1】：

我猜mantel 来自vegan

library(vegan)   
names1 <- ls(pattern="Obj")
names1 #I created 3 matrices with names starting with Obj
#[1] "Obj1" "Obj2" "Obj3"

Cmb1 <- combn(names1, 2)
lst1 <- lapply(split(Cmb1, col(Cmb1)), function(x) unlist(mantel(get(x[1]), get(x[2]))[3:4]))

更新

我假设您希望 list 元素具有一些名称。

names(lst1) <- sapply(lst1, function(x) { paste(paste(names(x), x, sep="_"), collapse="_") })

lst1

【讨论】：

谢谢，效果很好。还有一个问题，在输出 $1 statistic signif 0.3697056 0.0060000 中是否可以在以 $ 开头的行中写入对象对？