makefile：从 3 个输入生成一个输出答案

【问题标题】：makefile: from 3 input generate one outputmakefile：从 3 个输入生成一个输出
【发布时间】：2017-05-25 01:03:58
【问题描述】：

我有这个版本的makefile [sbsuser@compute-00-01 415]$ make --version GNU Make 3.81

我有目录 SOMATIC 我有 3 个文件。我想产生一个只有一个输出。这是我写的。

OUTSOMATIC=SOMATIC
FINAL=FINAL
INPUT=$(wildcard $(OUTSOMATIC)/*.vcf)
OUTSORT2= $(patsubst $(OUTSOMATIC)/%.vcf,$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz,$(INPUT))
$(info lista $(OUTSORT2))
$(info lista $(INPUT))
.PHONY: all
all: $(INPUT) $(OUTSOMATIC) $(OUTSORT2) $(FINAL)
$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz: $(OUTSOMATIC)/%.vcf $(INPUT)
    ~/jdk1.8.0_121/bin/java -XX:+UseSerialGC -Xms1g -Xmx10g -jar /illumina/software/PROG2/bcbio-variation-recall-0.1.7  ensemble  -n 1 $(FINAL)/somatic_ensemble.gz /illumina/software/database/database_2016/hg19_primary.fa $^

使用此脚本制作 3 次相同的文件。我不明白如何从输入列表中只创建一个输出以同时使用。做这个的最好方式是什么？如果我在$(FINAL)/somatic.ensemble.gz 中更改$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz: 我有这个错误：

make: *** No rule to make target FINAL/415_merge_mutect2.somaticsomatic.ensemble.gz', needed byall'。停止`

【问题讨论】：

标签： makefile gnu-make

【解决方案1】：

您可能应该查看 GNU make 手册的介绍部分，其中描述了 make 的工作原理。

让我们看看你的makefile；首先你定义一些变量。假设您有文件SOMATIC/foo.vcf、SOMATIC/bar.vcf 和SOMATIC/baz.vcf。然后，您创建的变量在展开后将具有这些值：

OUTSOMATIC = SOMATIC
FINAL = FINAL
INPUT = SOMATIC/foo.vcf SOMATIC/bar.vcf SOMATIC/baz.vcf

现在您的 patsubst 会在 INPUT 中找到与模式 SOMATIC/%.vcf 匹配的所有单词，并将其替换为 FINAL/%somatic.ensemble.gz，其中与输入中的 % 匹配的部分将替换为输出：

OUTSORT2 = FINAL/foosomatic.ensemble.gz FINAL/barsomatic.ensemble.gz FINAL/bazsomatic.ensemble.gz

现在，make 发现您已经定义了一个 all 目标。因为它是 makefile 中的第一个目标，所以这是默认运行的目标。展开后是这样的：

all: SOMATIC/foo.vcf SOMATIC/bar.vcf SOMATIC/baz.vcf SOMATIC FINAL/foosomatic.ensemble.gz FINAL/barsomatic.ensemble.gz FINAL/bazsomatic.ensemble.gz FINAL

因此，make 将尝试构建 all 目标的所有先决条件，以确保它是最新的。首先它尝试构建SOMATIC/*.vcf 文件。这些文件已经存在，并且 make 没有关于如何重建它们的任何规则，因此它假定它们是最新的。

接下来它会尝试构建SOMATIC 文件。这是一个目录，它也没有要构建的规则，所以 make 假设它也是最新的。

接下来 make 尝试构建目标 FINAL/foosomatic.ensemble.gz。让确实有一个可以构建它的规则，你已经创建了一个：

$(FINAL)/%somatic.ensemble.gz: $(OUTSOMATIC)/%.vcf $(INPUT)
        ~/jdk1.8.0_121/bin/java ...

这与您要构建的目标相匹配，% 值为 foo，因此 make 将先决条件中的 % 替换为 foo 并发现 SOMATIC/foo.vcf 存在且不需要被重建，所以它运行你的食谱。但是，您的配方实际上并没有创建目标FINAL/foosomatic.ensemble.gz；它创建目标FINAL/somatic_ensemble.gz。所以这条规则被打破了，因为它告诉 make 它会做一件事，但它会做另一件事。

您应该始终确保您的所有配方都构建由自动变量$@ 表示的文件；这将确保您同意您的规则的含义。如果您希望您的配方构建其他文件，那么您的规则编写不正确。

下一个 make 对 all 的下一个先决条件做同样的事情：FINAL/barsomatic.ensemble.gz。由于该文件不存在，make 尝试使用模式规则构建它，但同样会创建相同的输出文件。

对于第三个 .gz 文件 FINAL/bazsomatic.ensemble.gz。这就是为什么事情会运行 3 次。

如果您将模式规则更改为构建 FINAL/somatic.ensemble.gz 的显式规则，这是您想要的，那么 make 无法找到任何方法来构建 all 目标的先决条件，因此会出现此错误。

您的问题是OUTSORT2 的创建。您只想创建一个输出文件，但您已将OUTSORT2 设置为包含三个不同的文件，因此 make 会尝试创建所有三个文件。你想要这个：

OUTSOMATIC = SOMATIC
FINAL = FINAL
INPUT = $(wildcard $(OUTSOMATIC)/*.vcf)
OUTSORT2 = $(FINAL)/somatic.ensemble.gz

.PHONY: all
all: $(OUTSORT2)

$(OUTSORT2): $(INPUT)
        ~/jdk1.8.0_121/bin/java -XX:+UseSerialGC -Xms1g -Xmx10g -jar /illumina/software/PROG2/bcbio-variation-recall-0.1.7  ensemble  -n 1 $@ /illumina/software/database/database_2016/hg19_primary.fa $^

【讨论】：