openmpi 问题答案

【问题标题】：openmpi questionopenmpi 问题
【发布时间】：2011-03-26 23:28:19
【问题描述】：

想要分配具有重叠元素的向量。例如，如果我有 [1,2,3]，我希望 [1,2] 被发送到一个节点，而 [2,3] 被发送到另一个节点。我希望它用于打开 mpi.. ...请帮助我.....

【问题讨论】：

标签： c mpi

【解决方案1】：

是否为 OpenMPI 无关紧要； OpenMPI 只是该标准的一种实现，MPICH2 也是如此。幸运的是，MPI 是 MPI。

因此，通过MPI_Scatter 调用来分发数据向量，该调用将相同大小的数据向量块发送到通信器中的每个进程。如果每个任务可能需要不同数量的元素，则使用MPI_Scatterv，您可以在其中明确设置每个进程获得多少元素，以及它在数组中的起始位置。

但是，一旦您使用 MPI_Scatterv 并指定计数和位移，您就可以使用计数和位移来指定重叠的数据片段。计数将总计为数组中的元素数加上重叠位；位移将指向进程看到的数组的第一个重叠部分。因此，例如，这会分配整数数组的重叠段：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char **argv) {
    const int NELEM=15;
    int globvec[NELEM];
    int *locvec;
    int *counts, *disps;
    int size, rank, ierr;
    int start, end;


    ierr  = MPI_Init(&argc, &argv);
    ierr |= MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
    ierr |= MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

    if (rank==0)
        for (int i=0;i<NELEM;i++) globvec[i] = i;

    /* figure out the counts and displacements into the array. 
     * All the tasks from 1..size-1 get one extra element
     * at the end overlapping with their neighbour; the tasks
     * size-1 gets all remaining data.
     */

    counts = (int *)malloc(size*sizeof(int));
    disps  = (int *)malloc(size*sizeof(int));
    for (int i=0; i<size; i++) {
        start = (NELEM/size)*i;

        end = (start + (NELEM/size)-1)+1;
        if (i == size-1) end = NELEM-1;

        counts[i] = (end-start+1);
        disps[i] = start;
    }

    locvec = (int *)malloc(counts[rank]*sizeof(int));
    MPI_Scatterv (globvec, counts, disps, MPI_INT,
                  locvec, counts[rank], MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);


    for (int i=0; i<counts[rank]; i++)
        printf("%d: %d\n", rank, locvec[i]);

    free(locvec);
    free(counts);
    free(disps);
    MPI_Finalize();

    return 0;
}

有 15 个元素，0..14。所以如果你用三个任务运行它，并且有 1 个重叠，你会期望数组被分解 [0,1,2,3,4,5],[5,6,7,8,9, 10],[10,11,12,13,14,15]，这就是你得到的：

$ mpirun -np 3 ./vector1
0: 0
0: 1
0: 2
0: 3
0: 4
0: 5
1: 5
1: 6
1: 7
1: 8
1: 9
1: 10
2: 10
2: 11
2: 12
2: 13
2: 14

【讨论】：

【解决方案2】：

一个好的起点是MPI wiki page。您应该能够修改 hello world 示例来做您想做的事情。

我不太确定您的具体问题是什么。如果你说明你已经做了多少，什么对你不起作用，那真的很有帮助。

【讨论】：