单节点/多核作业的 sbatch 脚本中是否需要 srun？

Question

我正在运行一个非常常见的生物信息学工具/命令bowtie2-build。它可以在单个节点上使用多线程（不是 MPI 类型的作业）。我有以下 sbatch 脚本（基本上）：

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem=15G
#SBATCH --time=3:00:00

bowtie2-build --threads $SLURM_CPUS_ON_NODE GRCh38.fa GRCh38

我在某处读到，每当请求多个 CPU 时，必须使用 srun，以便上面的最后一行应该是 srun bowtie2-build ...？这是真的吗？我还了解到，对于 MPI 作业，srun 或 mpirun 可用于启动多个进程。但我确实需要澄清在具有多线程的单节点的情况下使用srun。感谢您的帮助！

（顺便说一句：在这个特定的上下文中，我将多线程等同于多核）。

Answer 1

对于同节点计算（多线程等）srun 不是强制性的，但使用它可以提供更好的控制和来自 Slurm 的更好反馈。

如果您的程序以srun 启动，Slurm 将更容易管理它（发送 UNIX 信号，如果它使用的资源多于请求，则终止它等），并且sstat 命令将能够为您提供近乎实时的内存使用情况、CPU 效率等。