RInside 分段错误和链接问题

Question

我正在尝试通过 RInside 从 linux 上的 c++ 调用 R，我使用 gcc 版本 4.5.3 (Debian 4.5.3-1) 从源代码编译 R-2.15.1，我没有 sudo 使用权限apt-get 安装。我正在使用 OpenBlas 和系统优化的 lapack。 blas 和 lapack 库适用于许多 scalapack 应用程序

我用

安装了 R

./configure --with-blas="-I/lib/OpenBLAS-v0.2.3-0/xianyi-OpenBLAS-48f075c/install/include -L/lib/OpenBLAS-v0.2.3-0/xianyi-OpenBLAS-48f075c/install/lib -lopenblas -lgfortran" --with-lapack="/usr/lib/liblapack.so -lgfortran" --enable-BLAS-shlib=yes --enable-R-shlib --enable-R-static-lib --prefix= . 

它安装并运行良好，我运行 make check 没有错误，所有包（Rcpp 和 RInside）也安装良好..

但是，当我使用给定的 RInside makefile 时，/standard/rinside_sample0.cpp 中的基本 hello world 示例将编译！但它没有运行，我收到以下错误

./rinside_sample0: error while loading shared libraries: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory

文件libRblas.so 存在且位于R/lib 文件夹中，

当我尝试使用 g++ 命令手动链接它时，make 文件创建或链接如下，我得到一个分段错误

/R/lib/libRblas.so ./hello_world
Segmentation fault

编辑：这里是示例 make 文件如何尝试编译示例，（编译正常）但不会在上面缺少 libRblas.so 错误的情况下运行

g++ -I/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/include -I/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/Rcpp/include -I/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/RInside/include -g -O2 -Wall -I/usr/local/include   hello_world.cpp  -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lR  -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lRblas -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lRlapack -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/lib -lRblas -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/Rcpp/lib -lRcpp -Wl,-rpath,/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/Rcpp/lib -L/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/RInside/lib -lRInside -Wl,-rpath,/nfs/user03/jimmie21/libs/lib64/R/library/RInside/lib -o hello_world

Answer 1

几件事：

1. 请提供可重现的示例

2. 您的设置不标准

3. 使用 1) 中的脚本，在标准设置下尝试，因为这就是 Rcpp / RInside 开发和测试的方式（在 Ubuntu / Debian 上）

4. Rcpp 测试套件现在包含来自大约 350 个单元测试功能的近 800 个单元测试。这些没有 seg.fault，所以问题出在你的最后。同样，RInside 在四个examples/ 子目录中有几十个示例。这也有效。

这可能就像调整 Makefile / Makevars 文件一样简单，以确保您在所有情况下都能获得您的库。但我们无法确定，因为这里没有可重现的内容。

编辑如果你想与libRblas.so 链接，那么你有一个完全非标准设置作为 Debian / Ubuntu 的 R 包，就像使用外部 BLAS。同样，这不是 RInside 问题。

Answer 2

我通过将 R 安装路径库 ../R/lib: 添加到 LD_LIBRARY_PATH 的开头来解决问题，之后所有示例都编译并运行良好