使用另一列匹配一列中的对答案

【问题标题】：matching pairs within one column using another column使用另一列匹配一列中的对
【发布时间】：2021-05-01 01:38:54
【问题描述】：

我有一个这样的数据框：

samples 列有多个唯一值，其中很少有 samples 与另一个样本配对（在同一列 samples 中）。这个匹配对由match 列给出。如match 列中的 none 值所示，很少有样本不匹配。

library(tibble)
df <- tribble(~ `samples`, ~ `match`,
              "A0H", "B2D",
              "A2D", "none",
              "B4H", "A4D",
              "A1H", "B3H",
              "A4D", "B4H",
              "B3H", "A1H",
              "B5D", "none", 
               "B2D", "A0H"
)

我现在想要另一列指示正确的对。像这样：

df <- tribble(~ `samples`, ~ `match`, ~`pairs`
              "A0H", "B2D", "1",
              "A2D", "none",NA,
              "B4H", "A4D","2",
              "A1H", "B3H","3",
              "A4D", "B4H","2",
              "B3H", "A1H","3",
              "B5D", "none", NA,
               "B2D", "A0H", "1",
)

我怎么到这里？

【问题讨论】：

标签： r dplyr

【解决方案1】：

你可以试试这个：

library(igraph)
matches <- df[df$match != "none",]
groups <- clusters(graph.data.frame(matches))$membership
df$pairs <- groups[df$samples]
df

#> # A tibble: 8 x 3
#>   samples match pairs
#>   <chr>   <chr> <dbl>
#> 1 A0H     B2D       1
#> 2 A2D     none     NA
#> 3 B4H     A4D       2
#> 4 A1H     B3H       3
#> 5 A4D     B4H       2
#> 6 B3H     A1H       3
#> 7 B5D     none     NA
#> 8 B2D     A0H       1

我们的想法是认为您的df 只是一个图的边列表。基于此，您可以使用 igraph 包中的函数来查找组。

这样，即使组由 2 个以上的样品组成，您也可以获得固溶体。（就个人而言，我一直怀疑数据中可能存在一些隐藏的污垢）

【讨论】：