用户在 Rcpp 中编写的 Header/Namespace 中的函数声明答案

【问题标题】：Function Declaration in user written Header/Namespace in Rcpp用户在 Rcpp 中编写的 Header/Namespace 中的函数声明
【发布时间】：2018-08-28 12:56:02
【问题描述】：

这个问题实际上是上一个问题Calling 'mypackage' function within public worker 的后续问题。而且我怀疑通过询问可以获得更深入的了解。

错误是

无法加载共享对象”在“ParallelExample.so”中

我想做的是在内部调用 R 包中的 Cpp 函数。为此，我编写了一个头文件并将其添加到 src 目录，并在此头文件中定义了一个命名空间。以下代码出现编译错误：

也就是说，我已经为这个问题找到了两种解决方案。

在头文件中定义函数而不是仅仅声明它。
将命名空间留在头文件之外。

从我对此主题所做的 cpp 研究来看，在 Rcpp 之外似乎可行且常见（在头文件的命名空间中声明函数）。这让我想知道这只是 mac 编译器的问题还是 Rcpp 的一个功能。

一、cpp文件：

#include <RcppArmadillo.h>
#include "ExampleInternal.h"
// [[Rcpp::export]]
double myfunc(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

二、Cpp：

#include <RcppArmadillo.h>
#include <RcppParallel.h>
#include "ExampleInternal.h"
#include <random>

using namespace RcppParallel;

struct PARALLEL_WORKER : public Worker{

  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end){


    std::mt19937 engine(1);

    for( int k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ExampleInternal::myfunc(index);
  }
}

};

// [[Rcpp::export]]
arma::vec Parallelfunc(int Len_in){

  arma::vec input = arma::regspace(0, 500);
  arma::vec output(Len_in);

  PARALLEL_WORKER  parallel_woker(input, output);
  parallelFor( 0, Len_in, parallel_woker);
  return output;
}

最后是一个内部头文件，也在 src 目录中：

#ifndef EXAMPLEINTERNAL_H
#define EXAMPLEINTERNAL_H

#include <RcppArmadillo.h>
#include <Rcpp.h>

namespace ExampleInternal{

double myfunc(arma::vec vec_in);

}

#endif

【问题讨论】：

无法加载 ParallelExample.so 听起来像是运行时链接问题，而不是设计问题。有这样的填充物吗？文件的目录是否在 LD_LIBRARY_PATH 上？
这就是我命名的 R 包，所以它是由构建过程生成的。
你真的可以看到共享库（.so）文件吗？ .so 在 LD_LIBRARY_PATH 上？如果不是，则运行时链接器将看不到它。如果您有一个实际的可执行文件，请尝试“ldd”命令，它会给出一条关于缺少共享库的消息。
“.so”文件显示在“src”目录中

标签： c++ rcpp

【解决方案1】：

您声明并调用函数ExampleInternal::myfunc，然后在全局命名空间中定义函数myfunc。这不匹配，我很确定您未显示的其余错误消息表明在so 文件中找不到ExampleInternal::myfunc。

解决方案：在定义函数时使用相同的命名空间：

#include <RcppArmadillo.h>
#include "ExampleInternal.h"
namespace ExampleInternal {

double myfunc(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

}

我还删除了导出函数的注释。顺便说一句，不要同时包含 RcppAramdillo.h 和 Rcpp.h。

【讨论】：