Scipy Fisher_exact 测试需要很长时间答案

【问题标题】：Scipy fisher_exact test taking a very long timeScipy Fisher_exact 测试需要很长时间
【发布时间】：2018-09-07 04:03:18
【问题描述】：

我使用的是 scipy 1.0.0 版。

import scipy as sp
x = [[5829225, 5692693], [5760959, 5760959]]
sp.stats.fisher_exact(x)

对于上面的值，scipy 不返回任何内容，而是等待。这可能是什么原因？我该如何解决？

但是在 R 中，它几乎立即返回一个 p 值。

a = matrix(c(5829225,5692693,5760959,5760959), nrow=2)
fisher.test(a)

【问题讨论】：

【解决方案1】：

来自documentation中的注释：

计算出的优势比与 R 使用的不同。这个 scipy 实现返回（更常见的）“无条件最大似然估计”，而 R 使用“有条件最大似然估计”。

对于大数表，也可以使用函数chi2_contingency中实现的（不精确的）卡方检验。

（强调我的）

就像提到的 DSM 评论一样，对于您的大值来说，它可能非常慢。并且由于注释调用了较大的值，您可以尝试他们建议的替代方法：

>>> chi2, p, dof, expected = sp.stats.chi2_contingency(x)
>>> p
6.140729432506709e-178

【讨论】：