尝试使用 Rcpp 编译 c++11 时出现 g++ 错误

Question

系统规格：

• 操作系统 - Mac OS X 10.6.8（雪豹）
• g++ - Macports gcc 4.8.1_2+universal
• R - 2.15.3
• Rcpp - 0.10.3

当我尝试编译在 R 中（通过 Rcpp）使用 C++11 的函数时，我不断收到错误消息 - 由于某种原因，g++ 无法识别 -std=c++11 选项。

此示例取自 Rcpp 帮助文件（它不包含任何特定于 C++11 的内容，但可以显示我的问题所在）。如果我尝试运行：

require( Rcpp )
Sys.setenv( "PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11" )
cppFunction(plugins=c("cpp11"), '
int useCpp11() {
    int x = 10;
    return x;
}')

我明白了：

cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"
make: *** [file61239328ae6.o] Error 1
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -std=c++11  -fPIC  -g -O2  -c file61239328ae6.cpp -o file61239328ae6.o 
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  : 
  Error 1 occurred building shared library.

同时，我可以直接从 bash 编译这个函数 - 如果这个代码在 useCpp11.cpp 文件中，那么它运行没有任何抱怨：

g++ useCpp11.cpp -std=c++11

当然，我做错了什么，但我无法弄清楚它是什么。 gcc 4.8 被设置为 bash 中的默认编译器，Rcpp 过去一直在正常工作。我怀疑我没有告诉 R 使用哪个版本的 g++ - 可能是这样吗？

Answer 1

Kevin Ushley 绝对正确 - 确保使用正确编译器的最简单方法是通过 Makevars 文件。就我而言，我补充说：

CXX = g++-4.8.1
PKG_CXXFLAGS = -std=c++11

这就是我所缺少的——后来一切都奏效了。如果您正在编译您的包，这将有效。

Answer 2

快速的：

• 你在 Rcpp 上落后，它的发布版本是 0.10.4

• 你使用的版本（0.10.3）有C++11的插件

• an entire article at the Rcpp Gallery 对此进行了详细说明。

所以请允许我引用C++11 piece on the Rcpp Gallery：

R> library(Rcpp)
R> sourceCpp("/tmp/cpp11.cpp")
R> useAuto()
[1] 42
R> 

其中/tmp/cpp11.cpp中的代码如下：

#include <Rcpp.h>

// Enable C++11 via this plugin (Rcpp 0.10.3 or later)
// [[Rcpp::plugins("cpp11")]]

// [[Rcpp::export]]
int useAuto() {
    auto val = 42;      // val will be of type int
    return val;
}

如果这对您不起作用，那么您的系统设置不正确。换句话说，这不是Rcpp 标签的问题——而是“如何设置我的路径来调用我认为我应该调用的 g++ 版本”。

Answer 3

如果您不想修复路径，可以在编译之前设置 PKG_CXXFLAGS 环境变量。

     export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

例如：

在R

#generate the bare Rcpp package as usual
library(Rcpp)
Rcpp.package.skeleton("Foo",
                      example_code=FALSE,
                      attributes=TRUE,
                      cpp_files=c("./Foo_R_wrapper.cpp", "./Foo.h", "/Foo.cpp")
                     )    

在 Bash

中

#tell the compiler to use C++11
export PKG_CXXFLAGS='`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"` -std=c++11'

#compile as usual
cd ./Foo/;
R -e 'Rcpp::compileAttributes(".",verbose=TRUE)';
cd ..;

R CMD build Foo;
#ensure that there are no bugs
R CMD check Foo;

其中 Foo_R_wrapper.cpp 包装了一个分别在 Foo.h 和 Foo.cpp 中定义和实现的 C++ 函数 FooBar。

Foo_R_wrapper.cpp 可以包含以下内容：

#include <Rcpp.h>                                   

#include "Foo.h"                                    

// [[Rcpp::export]]                                 
SEXP FooBar(SEXP baa)
{                                                   
    Rcpp::NumericVector baa_vec(baa)
    //Do something from Foo.h (to baa_vec?)
    ...
    //etc
    return baa_vec;
}