计算文本文件中的残基总数答案

【问题标题】：count the total number of residues in a text file计算文本文件中的残基总数
【发布时间】：2013-11-12 08:16:26
【问题描述】：

我有一些如下所示的文本文件。我需要计算每个文件中的残基总数。第 6 列代表残基数。

file1.txt

ATOM     19  CA  LYS C 323       2.648  17.703  45.442  1.00 17.46           C 
ATOM     20  C   LYS C 323       1.884  18.118  46.688  1.00 17.13           C 
ATOM     21  O   LYS C 323       0.822  17.576  46.996  1.00 17.54           O 
ATOM     28  CA  ARG C 324       1.835  19.574  48.632  1.00 16.33           C  
ATOM     29  C   ARG C 324       1.990  21.084  48.733  1.00 16.43           C      
ATOM     45  N   LYS C 326       2.321  24.344  50.724  1.00 16.55           N  
ATOM     46  CA  LYS C 326       2.843  24.570  52.063  1.00 15.26           C
ATOM     62  N   ASP C 328       1.791  25.643  56.502  1.00 22.19           N
ATOM     63  CA  ASP C 328       2.336  25.657  57.860  1.00 23.53           C

file2.txt

ATOM     12  CG  GLN B 670      52.075  84.009  47.855  1.00 97.39           C  
ATOM     13  CD  GLN B 670      51.068  83.904  46.726  1.00 98.36           C  
ATOM     14  OE1 GLN B 670      51.239  84.504  45.665  1.00100.00           O
ATOM     16  N   SER B 671      49.664  86.399  49.090  1.00 88.49           N  
ATOM     17  CA  SER B 671      48.384  87.100  49.166  1.00 79.72           C

期望的输出

Total no:of residues in file1.txt : 4   
Total no:of residues in file2.txt : 2

【问题讨论】：

标签： awk

【解决方案1】：

使用这个 awk 单行代码：

awk '{a[$6]} END{print "Total no:of residues in", FILENAME, ":", length(a)}' file

替代的非 gnu awk 解决方案：

awk '{a[$6]} END{for (i in a) s++;print "Total no:of residues in", FILENAME, ":",s}' file

【讨论】：

一种获取数组中元素数量的好方法，我会如何使用split 而不是认为length 会以这种方式工作。您可以使用{a[$6]++} 代替!a[$6]++{} 来保存一个字符
@Jotne：您可以再保存两个，因为 OP 似乎并不关心计数。您可以使用：{ a[$6] }。
@Steve：谢谢！好点，进一步编辑以保存另外 2 个字符。
@anubhava 感谢您的回答。你的代码不起作用。我收到这样的错误 awk: 第 1 行：对数组 a 的非法引用
试试这个，看看它是否有效。 awk '{a[$6]} END{for (i in a) s++;print "Total no:of residues in", FILENAME, ":",s}' file

【解决方案2】：

试试这个，未经测试：

awk '
!seen[FILENAME,$6]++ { numRes[FILENAME]++ }
END {
    for (fileName in numRes) {
        printf "Total no:of residues in %s : %d\n", fileName, numRes[fileName]
    }
}
' file1.txt file2.txt

【讨论】：