根据文件的第 1 列和第 2 列以及第 2 文件的第 3 列和第 4 列加入 2 个文件答案

【问题标题】：join 2 files based on 1st & 2nd column of file AND 3rd & 4th column of second file根据文件的第 1 列和第 2 列以及第 2 文件的第 3 列和第 4 列加入 2 个文件
【发布时间】：2021-08-10 22:13:49
【问题描述】：

文件1

rs12345  G  C  
rs78901  A  T

文件2

3  22745180  rs12345  G  C,G  
12 67182999  rs78901  A  G,T

想要的输出

3  22745180  rs12345  G  C  
12 67182999  rs78901  A  T

我试过了 awk 'NR==FNR {h[$1] = $3; next} {print $1,$2,$3,h[$2]}' file1 file2

生成的输出

3  22745180  rs12345

将 file2 的前 4 列和 file1 的第 3 列打印为输出中的第 5 列

【问题讨论】：

标签： join awk paste

【解决方案1】：

你可以使用这个awk:

awk 'FNR == NR {map[$1,$2] = $3; next} ($3,$4) in map {$NF = map[$3,$4]} 1' f1 f2 | column -t

3   22745180  rs12345  G  C
12  67182999  rs78901  A  T

更易读的版本：

awk '
FNR == NR {
   map[$1,$2] = $3
   next
}
($3,$4) in map {
   $NF = map[$3,$4]
}
1' file1 file2 | column -t

column -t 仅用于表格输出。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您提出（两个文件中的行匹配），这将起作用

paste file1 file2 | awk '{print $4,$5,$6,$7,$3}'

【讨论】：

PASTE 不考虑两个文件中的行顺序和非配对行
@rij 您在问题中没有提到您需要能够配对行的脚本。例如，我的代码适用于您的问题。