将参数附加到文件中的命令并运行附加的命令答案

【问题标题】：append a parameter to a command in the file and run the appended command将参数附加到文件中的命令并运行附加的命令
【发布时间】：2021-04-14 12:09:09
【问题描述】：

我在名为$stat_val_result_command 的文件中有以下命令。我想在文件末尾添加 -Xms1g 参数，这样应该看起来像这样：

  <my command in the file> -Xms1g

但是，我想在追加后运行此命令。我在一个名为“nextflow”的工作流系统中运行它。我绑了很多东西，包括关注，但它不起作用。检查默认在 Bash 中运行的脚本部分：

    process statisticalValidation {

   input:
   file stat_val_result_command from validation_results_command.flatten()

   output:
   file "*_${params.ticket}_statistical_validation.txt" into validation_results

   script:
   """
   echo " -Xms1g"  >> $stat_val_result_command && ```cat  $stat_val_result_command```
   """
}

【问题讨论】：

三引号是怎么回事？ Bash 将三个反引号完全相同视为一个，只是执行速度较慢，因为它是一对空的（打开/关闭），然后是其中包含内容的一对，然后是另一个空的（打开/关闭）一对。所有这些对产生子shell，包括空的。
除此之外，$(cat anything)（或其等效的反引号）存在BashFAQ #50 中讨论的错误，因为命令替换的结果与参数扩展结果的解析方式相同。
如果文件是普通的 unix 文本文件格式，echo " -Xms1g" >>thefile 将在文件中添加一个新行，而不是添加到已经存在的行中。由于您使用文件的方式，这可能无关紧要，但我仍然会检查文件以查看是否发生了这种情况。
@Gordan 如何添加到同一行？添加后如何在bash中运行？
你能把文件变成一个普通的shell脚本，然后把-Xms1g作为参数传递给它吗（让脚本用例如commandToRun "$@"传递参数）？

标签： bash nextflow

【解决方案1】：

最好避免附加或操作本地化的工作目录中的输入文件，因为这些文件可以并且默认情况下是指向原始文件的符号链接。

在您的情况下，请考虑导出 JAVA_TOOL_OPTIONS 环境变量。这可能适合您，也可能不适合您，但如果您可以控制脚本的生成方式，可能会给您一些想法：

export JAVA_TOOL_OPTIONS="-Xms1g"
bash "${stat_val_result_command}"

此外，通常最好避免像这样本地化和运行脚本。这可能是不可避免的，但通常有更好的选择。例如third-party scripts，就像你的 Bash 脚本可以更简单地处理：

授予这些文件的执行权限并将它们复制到一个在项目存储库的根目录中名为 bin/ 的文件夹。 Nextflow 会自动将此文件夹添加到PATH 环境中变量，并且脚本将自动在您的管道，无需指定调用它们的绝对路径。

这当然假设您可以控制和参数化创建 Bash 脚本的过程。

【讨论】：