如何使用 awk 为其他程序逐行打印结果？答案

【问题标题】：How to use awk to print line by line the result for an other program?如何使用 awk 为其他程序逐行打印结果？
【发布时间】：2015-10-24 19:57:28
【问题描述】：

我有一个 file.txt 像：

AAAAAA
AAAAAB
AAAAAC
AAAAAD
...

我想一次将一行用于另一个程序。我的脚本正在使用 awk，它几乎完成了，但仍然无法正常工作。任何人都可以帮忙吗？谢谢！

while read file.txt

line=`awk '{ print $0 ; next}' ../file.txt`

echo 'for aa in "$line": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save $line.pdb' > script.pdb

do

pymol script.pdb

done

脚本应该单独读取 file.txt 的每一行以使用 'for aa in "$line" 中的行： cmd._alt(string.lower(aa)) ;为 pymol 保存 $line.pdb' 脚本。

所以预期的输出应该是一个包含所有文件的文件夹：

AAAAAA.pdb AAAAAB.pdb AAAAAC.pdb

【问题讨论】：

你想对显示的输入数据做什么？
这种循环没有多大意义。请提供更多上下文
我想.....这是你想做的吗？ sed 's/.*/for aa in "&": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save &.pdb/g' file.txt
在没有程序输出的情况下很难发现问题，但请尝试从您的 awk 脚本中删除 next 语句。
每一行都是来自蛋白质的序列，我想用 pymol 的命令通过 pymol 生成：for aa in "&": cmd._alt(string.lower(aa)) ;保存 &.pdb 这将为每个单独生成一个 pdb 文件。

标签： linux bash awk

【解决方案1】：

你可以试试

while read -r line
do
    echo "for aa in \"$line\": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save $line.pdb" > script.pdb
    pymol script.pdb
done < file.txt

【讨论】：

谢谢，差不多了！我正在尝试这个：while read -r line do echo "for aa in \"$line\": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save $line.pdb" > script.py ; exit pymol script.py done < ../file.txt 但是 Pymol 出错，当我在 pymol 命令中复制粘贴该行时，它可以工作......我不知道为什么
好的，现在脚本可以工作了，这是 .py 到 .pml 的错误，但即使使用 quit pymol 的命令，我也无法在每行之间自动关闭 pymol？ while read -r line do echo "for aa in \"$line\": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save $line.pdb" > script.pml ; quit pymol script.pml done < ../file.txt
好的，我明白了！ while read -r line do echo "for aa in \"$line\": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save $line.pdb ; quit" > script.pml pymol script.pml done < ../file.txt谢谢大家！！
我想知道如果我停止进程，是否可以让这个命令保存从哪里开始的行？
脚本现在运行了一段时间，速度变慢了。 file.txt 是 47 000 000 行。有更快的方法吗？