Snakemake：命名规则而不是目标文件

Question

这是一个来自蛇形教程高级部分的简短示例：

rule bwa_map:
input:
    "data/genome.fa",
    lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
output:
    "mapped_reads/{sample}.bam"
threads: 8
shell:
    "bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}"

现在假设我在几个月前编写了这条规则，但我不记得输出文件名了。 我的理解是我不能通过调用规则名称来运行snakemake，因为这会导致错误：

$ snakemake bwa_map
InputFunctionException in line 9 of Snakefile:
AttributeError: 'Wildcards' object has no attribute 'sample'
Wildcards:

$

首先，我不明白为什么 snakemake 不能使用 lambda 函数从配置文件中推断输入文件，因为很明显我指的是“示例”部分。

其次，有解决方法吗？ 因为使用旧的 Makefile 非常容易，只需使用旧的 Makefile 并通过键入类似的内容来运行相同的 bwa_map 规则

$ make bwa_map INPUT=data/samples/A.fastq

提前感谢您的帮助。 拜诺主义者

Answer 1

如果您将规则名称指定为目标并且该规则包含通配符，则 Snakemake 无法知道要为通配符使用什么值。在这种情况下，这只能从具体的输出文件中确定。 此输出文件可以来自下游规则，例如Snakefile 顶部的真正“所有”目标，或直接在命令行中提供。

但是，如果您在 Snakefile 的顶部有适当的目标规则，则有 --until 标志，它允许您仅在给定规则之前执行工作流。

关于您的 make 示例，我不知道此功能。你能指出我关于这个的文档吗？我可能还会添加类似于 Snakemake 的东西。

还请注意，我只是在 Snakemake 的开发版本中改进了此案例的错误消息。它现在提供了更多信息并解释了问题。

Answer 2

感谢您的回答。

我无法提供官方文档页面的链接。不过，我说的是一个非常受欢迎的 make 功能，所以我想即使它现在没有响铃，你也知道它。

考虑这个名为/path/to/workflows/variant_calling.make 的Makefile：

FASTQ = foo
GENOME = genome.fa
OUTPUT = some_complicated_output_file_name_$(FASTQ).txt

help:
    @echo 'This is a dummy example'
    @echo ''
    @echo 'Usage: make <command>'
    @echo ''
    @echo 'Available commands:'
    @echo '    help - display this help and exit'
    @echo '    mapping - map a fastq file to a reference genome'

mapping: $(OUTPUT)

$(OUTPUT):
    bwa mem $(GENOME) $(FASTQ) > $@

显然，写完这个 Makefile 一周后，你不可能还记得输出文件名。 但这并不重要，因为您只需键入即可创建输出文件

$ make -f /path/to/workflows/variant_calling.make mapping FASTQ=bar.fastq

我可以在这个 Makefile 中有许多其他规则，我仍然可以使用上面的命令只运行映射步骤。

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我希望能够对 snakemake 做同样的事情，这将导致命令行看起来像这样：

$ snakemake -s `path/to/myworkflow.snakefile` bwa_mem

我会说清楚吗？

您确认现在不可能吗？ 如果是这样，有没有可能很快在 Snakemake 中拥有此功能？

谢谢。

拜诺主义者