Snakemake 规则中的递归输入调用

Question

我正在编写规则来处理一些数据：
目录中的数据将类似于：

myfirst.trim_1P, myfirst.trim_2P, mysecond.trim_1P, mysecond.trim_2P,...

rule trim_data:
        input:"{dataset}/{sample}.trim_{r}P"
        output:"{dataset}/{sample}.{r}.fastq"
        params:
            length=14
        shell:
            """
            reformat.sh forcetrimleft="{params.length}" in="{input}" out="{output}"
            """

我有这个错误：

WorkflowError:
RecursionError: maximum recursion depth exceeded
If building the DAG exceeds the recursion limit

myDir/myfirst.1.trimed.1.trimed.2.trimed.2.trimed.2....

如果输出与输入不同，为什么它以递归方式运行？以及如何解决？

Answer 1

这是一个疯狂的猜测......也许通配符捕获的比它们应该捕获的更多，因为它们被解释为正则表达式。如果 {dataset}、{sample} 和 {r} 采用已定义的值列表，请尝试使用以下方法限制它们的范围：

wildcard_constraints:
    dataset= '|'.join([re.escape(x) for x in DATASET]),
    sample= '|'.join([re.escape(x) for x in SAMPLE]),
    r= '|'.join([re.escape(x) for x in R]),

其中 DATASET、SAMPLE 和 R 是值列表（例如 R= ['1', '2']）

Answer 2

我遇到了类似的错误（如下）。事实证明，这是由于规则输出的文件名与不同的规则相同。更改输出文件的名称修复了此错误。

代码：

rule merge_sample_chr:
    input:

            bcftools=config["bcftools"],
            chr_list=expand(config["vcf_dir_ase"]+"/Eagle/all_{{sample}}_chr{this_chr}_sorted.vcf.gz",this_chr=CHRS)
    params:
            chr_list=expand("I="+config["vcf_dir_ase"]+"/Eagle/all_{{sample}}_chr{this_chr}_sorted.vcf.gz",this_chr=CHRS)

    output:
            vcf=config["vcf_dir_ase"]+"/Eagle/all_{sample}.vcf.gz"
    shell:
            """
            {input.bcftools} concat {input.chr_list} -Oz -o {output}
            """

错误：

WorkflowError:
RecursionError: maximum recursion depth exceeded in __instancecheck__
If building the DAG exceeds the recursion limit, this is likely due to a cyclic dependency.E.g. you might have a sequence of rules that can generate their own input. Try to make the output files more specific. A common pattern is 
Problematic file pattern: /path/samplid_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_chr1_.vcf.gz