R会话中止包栅格答案

【问题标题】：R session aborded package rasterR会话中止包栅格
【发布时间】：2020-05-06 06:48:47
【问题描述】：

你好堆栈溢出社区，
我本周升级到了最新版本的 R 和 R studio，每当我尝试加载包 raster 时，我的 R 会话都会遇到致命错误。

我尝试查看包的依赖项，并重新安装所有这些以确保确定。

# Install dependencies
db <- available.packages()
(deps <- tools::package_dependencies("raster", db)$raster)
# [1] "sp"      "Rcpp"    "methods"
install.packages(deps)

有什么想法吗？

以下是我的会话信息。

devtools::session_info("raster")
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value                       
 version  R version 3.6.3 (2020-02-29)
 os       macOS Mojave 10.14.6        
 system   x86_64, darwin15.6.0        
 ui       RStudio                     
 language (EN)                        
 collate  en_US.UTF-8                 
 ctype    en_US.UTF-8                 
 tz       America/New_York            
 date     2020-04-17                  

─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
 package * version date       lib source        
 lattice * 0.20-41 2020-04-02 [1] CRAN (R 3.6.2)
 raster    3.0-12  2020-01-30 [1] CRAN (R 3.6.0)
 Rcpp      1.0.4.6 2020-04-09 [1] CRAN (R 3.6.3)
 sp        1.4-1   2020-02-28 [1] CRAN (R 3.6.0)

[1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library

在寻找解决方案时，我还发现我的 Makevars 文件不完整。我使用了in here 描述的解决方案，它要求 RStudio 确保它始终使用尾随换行符保存文件，但它在这里不起作用。问题是我不知道我是否有这个问题很长时间，或者它是否与 raster 问题有关。

我尝试加载 >50 个其他包，错误似乎与 raster 库有关。

> writeLines(readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")))
##CC=clang
##CXX=clang++
CPPFLAGS="-isystem /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include"
CC = gcc
CXX=/usr/local/bin/g++-9
CXX1X=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17=/usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
Warning message:
In readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")) :
  incomplete final line found on '/Users/Rosalie/.R/Makevars'

非常感谢您提供的任何帮助。我真的不知道接下来要测试什么！

最好，罗莎莉

【问题讨论】：

或许这里有一些有用的提示：github.com/rspatial/raster/issues/63

标签： r package raster

【解决方案1】：

问题在于clang。

我首先更新到 macOS Catalina 10.15.4，然后使用 this code 卸载了之前版本的 R 开发工具链。然后，我用了一些here：

在终端中，我使用了代码xcode-select --install，打开了一个弹出窗口。按“安装”，然后按照步骤安装 xcode。通过输入gcc --version 来验证安装。然后，下载并安装相应的 gfortran 二进制文件find correct version here。

在 R 中，我重新安装了 Rcpp 和光栅install.packages("Rcpp", "raster")。

我现在可以加载栅格，而不会中断会话！

【讨论】：