微阵列数据：多个 t 检验

Question

问题：

微阵列使生物学家能够测量人类或其他物种中基因的表达水平。在一些研究中，在许多个体中测量基因表达水平，其中一些患有疾病，一些没有疾病（对照组），以确定哪些基因是差异表达的。目标是了解基因在所考虑疾病发展中的作用。尽可能多地阅读以下论文，并足以理解基础知识：http://www.pnas.org/content/96/12/6745.full 相应的数据集（经过一些处理后）可在此处获得：https://github.com/ramhiser/datamicroarray/blob/master/data/alon.RData 一种用于识别微分表示的简单（但有些过时）的方法基因是对比较两组的每个基因进行（双边）学生t检验。编写执行此操作的代码。结果应该是每个基因的 p 值。然后应用讲座中看到的所有方法来控制 FWER 或 FDR。

我的尝试：

m=62
dat = alon
summary(dat)
y = as.factor(alon$y)
y
nrow(alon$x)
pval = numeric(m)
for (i in 1:m) {
  pval[i] = t.test(alon[i,1:5], alon[i,-(1:5)])$p.value
}

但我的代码在 alon[i, 1:5] 的尺寸方面出现错误

Answer 1

尝试以下操作（您需要使用 alon$x 指向您在列表 alon 中的数据矩阵）：

m=62
dat = alon
summary(dat)
y = as.factor(alon$y)
y
nrow(alon$x)
pval = numeric(m)
for (i in 1:m) {
   pval[i] = t.test(alon$x[i,1:5], alon$x[i,-(1:5)])$p.value
}