可视化具有大约 500 个节点的二分图

Question

我需要绘制一个二分图。它有大约 500 个节点。

目前我正在尝试使用graphviz。 该图有两种类型的节点。我希望第一种类型位于左侧，而另一个节点位于绘图的右侧。如果我用dot 做简单的绘图，那么它就是两行节点的窄条。这些行彼此太靠近，因此很难识别节点之间的任何单独边。我尝试了其他布局算法，例如circo。我喜欢节点在一个圆圈上，但我不知道如何分割左右半圆上的节点。

接下来是我想要的完美输出：节点沿圆形分布，但两种类型的节点属于不同的半圆。我有办法使用图表来做到这一点吗？

如果在 graphviz 中太难做，你会推荐一个更好的工具吗？

Answer 1

您可以使用ranksep 属性增加dot 中的行间距。为了将图的两半分开，创建两个具有固定位置的隐藏节点 (style=invis) 可能有意义，然后将每个“真实”节点连接（使用 style=invis 边）到固定节点的一半图表。您可能希望为此使用neato，可能使用overlap=false 作为图形属性。这是一个简单的例子（使用不可见的样式来显示布局的外观）：

graph test {
  overlap=false; splines=true
  edge [style=dotted, weight=10, len=.2]
  subgraph cluster_left {
    left [pos="-1,0!", color=red /* , style=invis */]
    a -- left
    b -- left
  }
  subgraph cluster_right {
    right [pos="1,0!", color=blue /* , style=invis */]
    c -- right
    d -- right
    e -- right
  }
  edge [style="", weight=1, len=1]
  a -- b
  b -- d
  d -- e
  c -- e
  b -- e
}

对于半圆，在第一行 edge 中设置 weight=1000, len=1 并使用 fdp 而不是 neato 似乎会产生接近的结果（仍然有一些节点的边长稍微偏离）。您需要更多节点才能看到效果（我添加了额外的节点，例如 b 和 e，但名称上带有数字后缀以进行测试）。