有没有办法专门使用 SIBER 包中的 maxLikOverlap 函数来计算 SEAc？答案

【问题标题】：Is there a way to calculate SEAc specifically using the maxLikOverlap Function in SIBER package?有没有办法专门使用 SIBER 包中的 maxLikOverlap 函数来计算 SEAc？
【发布时间】：2021-08-06 20:10:45
【问题描述】：

我正在尝试使用稳定同位素数据和 SIBER R 包计算社区 #4 中 2 组（第 7 组和第 8 组）的 SEAc 椭圆之间的重叠百分比。我遵循了 SIBER 包中的小插图示例“Ellipse Overlap”并使用了以下代码：

> head(data.sb)
         iso1     iso2 group community
1  0.09881122 3.807466    10         4
2 -0.16367095 3.775113     8         4
3 -0.24213029 3.845701     8         4
4 -0.22786495 3.813348     8         4
5 -0.24213029 3.845701     8         4
6 -0.22786495 3.813348     8         4

siber.sb=createSiberObject(data.sb)

ellipse1 = "4.7"
ellipse2 = "4.8"

sea.overlap <- maxLikOverlap(ellipse1, ellipse2, siber, 
                             p.interval = NULL, n = 100)
sea.overlap

我的输出是：

> sea.overlap 
      area.1       area.2      overlap 
1.727520e-01 5.213493e-02 2.032879e-20

但是，代码正在运行，据我了解，这是计算 SEA 椭圆的重叠，而不是 SEAc（小样本量校正）椭圆的重叠。似乎没有任何关于如何在任何地方使用 SEAc 计算重叠的信息。

如何计算 % SEAc 重叠？

【问题讨论】：

标签： r overlap jquery-isotope

【解决方案1】：

我根本不是专家，但在我目前的工作中，我发现当您在 maxLikOverlap() 函数中将 n = 100 更改为 n=1000 时（因此您可以通过增加迭代次数来创建更准确的平均面积），这些区域实际上与使用 groupMetricsML() 计算的 SEAc 区域相同。至少我的数据是这样的。

这就是您如何计算重叠与两个壁龛的非重叠区域相比的比例：

 SEAc.overlap <- maxLikOverlap( "community.group", "community.group", your.data, p.interval = NULL, n = 1000)

 niches.Xover <- SEAc.overlap[3] / (SEAc.overlap[2] + SEAc.overlap[1] - SEAc.overlap[3]

总的来说，我非常推荐this website，作为稳定同位素分析的帮助！

【讨论】：