使节点更加分开（图形可视化）

Question

我正在尝试从距离矩阵中绘制图表。该代码工作正常，并给了我一个图像。图像很大，但所有节点都打包在一起。我想增加节点之间的空间。 我希望节点更加分开而不是放大。

我试过 Graphviz NEATO，但问题是它只支持 100 个节点，因为我有 1000 个节点，所以它显示了 10 个集群，每个集群 100 个节点。

我的整体代码 -

import networkx as nx
import pickle
import matplotlib.pyplot as plt
print "~~~Unpickle."
p_file = open('pickles/names')
Names = pickle.load(p_file)
p_file.close()
p_file = open('pickles/distance')
Dist = pickle.load(p_file)
p_file.close()

G = nx.Graph()

print "~~~Inserting Nodes."
for store in Names:
    G.add_node(store)

print "~~~Inserting Edges."

for i in range(601):
    for j in range(601):
        if Names[i]!=Names[j]:
            G.add_edge(Names[i],Names[j],weight=Dist[i][j])
print "~~~Drawing Graph."
nx.draw(G,pos,node_color='#A0CBE2',edge_color='none',width=1, edge_cmap=plt.cm.Blues, with_labels=False)
print "~~~Saving Figure."
plt.savefig("graph.png", dpi=500, facecolor='w', edgecolor='w',orientation='portrait', papertype=None, format=None,transparent=False, bbox_inches=None, pad_inches=0.1) 
print "~~~Success!"

输出（删除边缘和标签）：

带有 600 个节点的 Graphvix NEATO 的输出 -

Answer 1

来自figure 文档：

figure(num=None, figsize=(8, 6), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')

所以 figure(figsize=(10,10)) 创建了一个 10 英寸 × 10 英寸的图像，即 800 × 800 像素。

如果要打印大型网络图，最简单的方法是增加 DPI。

尝试类似：

plt.figure(num=None, figsize=(10, 10), dpi=1200). This will produce a large image file.

您也可以尝试打印pdf

plt.savefig("graph.pdf")

使用此选项，最终的图形将不会被光栅化。

要更改节点之间的距离，您可以缩小节点或更改布局。改变 布局很难做好。

尝试布局中的缩放选项 例如，

scale = 2

将所有节点之间的距离加倍。

所以在你的例子中，换行

nx.draw(G)

到

pos = nx.circular_layout(G, scale=2)
nx.draw(G, pos)

您还可以使用不同的布局，请参阅documentation 了解更多详情。