如何修复符号查找错误：集群环境中的未定义符号错误答案

【问题标题】：How to fix symbol lookup error: undefined symbol errors in a cluster environment如何修复符号查找错误：集群环境中的未定义符号错误
【发布时间】：2015-01-19 04:59:27
【问题描述】：

我正在编写一些 python 代码，该代码使用 GDAL (http://www.gdal.org/) 及其 python 绑定从 ECW 文件中提取一些图像数据。 GDAL 是从源代码构建的，具有 ECW 支持。

该程序在我通过 ssh 连接到的集群服务器上运行。我已经通过 ssh 终端测试了该程序，它运行良好。但是，我现在想使用 qsub 向集群提交作业，但它报告以下内容：

Traceback (most recent call last):
  File "./gdal-test.py", line 5, in <module>
    from osgeo import gdal
  File "/home/h3/ctargett/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/__init__.py", line 21, in <module>
    _gdal = swig_import_helper()
  File "/home/h3/ctargett/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/__init__.py", line 17, in swig_import_helper
    _mod = imp.load_module('_gdal', fp, pathname, description)
ImportError: /mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1: undefined symbol: H5Eset_auto2

我做了更多的挖掘工作并尝试使用LD_DEBUG=symbols 来尝试找出不同之处，但就我的知识/理解而言，这差不多。

作为参考，下面是 LD_DEBUG=symbols 并在 ssh 终端中运行代码时发生的情况（通过 grep H5Eset_auto2 管道以减少一些输出）：

在 ssh 终端中运行的代码的符号调试输出：

 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/bin/python26 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libpthread.so.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libdl.so.2 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libutil.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libm.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libc.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/home/h3/ctargett/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/_gdal.so [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libstdc++.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libm.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libgcc_s.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libpthread.so.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libc.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libdl.so.2 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libutil.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/bin/python26 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libpthread.so.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libdl.so.2 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libutil.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libm.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libc.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/home/h3/ctargett/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/_gdal.so [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libstdc++.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libm.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libgcc_s.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libpthread.so.0 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libc.so.6 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libdl.so.2 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libutil.so.1 [0]
 11359: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7 [0]

使用 qsub 提交的代码的符号调试输出：

 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/bin/python26 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libpthread.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libdl.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libutil.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libm.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libc.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/home/h3/ctargett/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/_gdal.so [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libstdc++.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libm.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libgcc_s.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libpthread.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libc.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libdl.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libutil.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libjpeg.so.62 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpng12.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libpq.so.4 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libcurl.so.3 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libgssapi_krb5.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libkrb5.so.3 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libk5crypto.so.3 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libcom_err.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libidn.so.11 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libssl.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libcrypto.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSEcw.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSEcwC.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSCnet.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSUtil.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/librt.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libxml2.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libz.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libcrypt.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libresolv.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libnsl.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/usr/lib64/libkrb5support.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libkeyutils.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libselinux.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eset_auto2;  lookup in file=/lib64/libsepol.so.1 [0]
 16915: /mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1: error: symbol lookup error: undefined symbol: H5Eset_auto2 (fatal)
ImportError: /mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1: undefined symbol: H5Eset_auto2

我想我不确定为什么在使用 qsub 提交时它似乎停止在 libgdal.so.1 中查找，而当它在终端中运行时继续查找。我还注意到 qsub 作业能够正确定位 libhdf5.so.7 （它应该在哪里找到 H5Eset_auto2 ）因为它可以找到不同的符号 H5Eprint ：

 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/usr/lib64/libstdc++.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/lib64/libm.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/lib64/libgcc_s.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/lib64/libpthread.so.0 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/lib64/libc.so.6 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/lib64/libdl.so.2 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/lib64/libutil.so.1 [0]
 16915: symbol=H5Eprint;  lookup in file=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7 [0]

在这个阶段，任何关于这方面的指示都会非常有用（我希望这些信息已经足够了——我很乐意提供更多信息，我只是不确定在这个阶段还有什么有用的）。

编辑：

对于使用qsub 提交的作业，/usr/bin 的内容似乎有所不同（特别是缺少libtool）。正在对此进行调查。

【问题讨论】：

当您以交互方式运行时以及在队列中运行时，查看环境变量LD_LIBRARY_PATH 可能会有所帮助。查找与 HDF5 相关的任何差异。
另一件事可能会帮助您调试：捕获所有作业脚本中的环境变量 (env >$HOME/myenvs)，然后重现相同的环境 (env $(xargs <$HOME/myenvs) bash) 并查看如果它以完全相同的方式失败。如果是这样，请检查并查找您的交互环境中的任何可疑差异。
这表明有两个独立的“进程”：第一个工作正常并且似乎使用相同的环境，而第二个没有并且似乎在“做自己的事情”（因此无法找到 HDF5)。
你还能检查libtool是不是同一个版本？
你能以交互方式和在队列中运行它并查看输出吗？他们应该产生完全相同的输出 - 我无法想象他们不会是这样，但我没有想法：\ nm -D /mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7 | grep H5Eset_auto2

标签： linux linker cluster-computing python-2.6 gdal

【解决方案1】：

经过两打cmet了解情况，发现libhdf5.so.7其实是一个符号链接（有几级间接）到一个没有共享的文件在排队进程和交互进程之间。这意味着即使符号链接本身位于共享文件系统上，文件的内容也不存在，因此进程会看到不同版本的库。

供将来参考： 除了检查 LD_LIBRARY_PATH 之外，检查带有 nm -D 的库以查看符号是否确实存在总是一个好主意。在这种情况下，发现它们确实以交互模式存在，但在队列中运行时不存在。快速md5sum 透露文件实际上是不同的。

【讨论】：

另请注意，在关注符号链接时，请记住继续关注它们，直到到达终点。
“供将来参考”位是帮助我解决问题的好建议。令人惊讶的是，这个问题的具体程度如此之高，但考虑到所有的赞成票，它的应用范围是多么普遍。
例如nm -D /usr/lib/x86_64-linux-gnu/mesa/libGL.so.1 | grep _glapi_tls_Dispatch