在多个数据列上使用 ggplot2 在 R 中绘制小​​提琴图

Question

我是 R 新手，并试图为每个采样深度的各种物种制作物种计数数据的小提琴图。数据如下所示

    Depth Cd Cf Cl
1  3.6576  0  2  0
2  4.0000  2 13  0
3  4.2672  0  0  0
4 13.1064  0  2  0
5 14.0000  3 17 10
6 17.0000  0  0  0

第 2-5 列中的物种和第 1 列中的深度。我试图在 R 中使用 ggplot2，但假设数据不是以 ggplot2 可以使用的方式组织的。理想情况下，我希望深度是 y 轴，物种沿着 x 轴，每个都有小提琴图。谢谢您的帮助。 亚历克斯

Answer 1

正如您已经怀疑的那样，您需要重塑数据。使用tidyr::gather 将格式从“宽”更改为“长”，在这种情况下，这对于在 x 轴上绘制物种是必要的。此外，您需要扩展您的计数数据，您可以使用slice 来实现。

library(tidyverse)

zz <- "Depth Cd Cf Cl
1  3.6576  0  2  0
2  4.0000  2 13  0
3  4.2672  0  0  0
4 13.1064  0  2  0
5 14.0000  3 17 10
6 17.0000  0  0  0"

my_dat <- read.table(text = zz, header = T)

my_dat %>% 
  gather(species, val, -Depth) %>% 
  slice(rep(row_number(), val)) %>%
  ggplot(aes(species, Depth)) +
  geom_violin(adjust = .5)

Answer 2

首先重塑您的数据：

library(tidyverse)

my_dat2 <- my_dat %>% 
  gather(species, val, -Depth) %>% 
  slice(rep(row_number(), val)) %>% 
  select(-val)

ggplot(my_dat2, aes(species, Depth)) +
  geom_violin()

请注意，Cl 只有一行，因为您只有一个深度。